Salut,
J'eu le problème aussi au début. Mais j'ai trouvé comment faire des upgrades sans problèmes.
Avant tout: de faire une sauvegarde (Base de données + fichiers sur le serveur).
Après je desactive tous les plugins et je fais l'upgrade. par la suite je réactive mes plugins et tout fonctionne. Je le fait 3 fois et je ne plus jamais eu des problèmes.
J'éspère ça peux t'aider.