Sería una modificación importante del plugin del foro... Y aquí modificar algo es un lío.

Quizás, -si no son muchas asignaturas- te lo solucionaría renombrar el plugin del foro a cada nombre de asignatura y así cada una tendría sus temas.

Pero se te iba a complicar el menú y tendrías que recurrir a plugins como TopLink , Menu Accordion o Top menu (hay mas plugins de menús) para que quedara un poco presentable.

Otra posibilidad es el plugin Vanilla Forum Integration pero yo de ese autor no me fío.... Tiene algún plugin muy bueno pero la mayoría son una porquería y si le comentas algo te pide acceso de admin y ni siquiera accede y mucho menos resuelve o contesta nada. El foro de Vanilla no se como va, tendrías que mirarlo antes a ver si te sirve.

No se me ocurre nada más, pero si descubres algo, coméntalo. En mi web me vendría bien, pero no es importante.